Целта на ОПТ е развитието на железопътната, пътната и водна инфраструктура, както и стимулиране развитието на комбиниран транспорт в съответствие с транспортната политика на Европейския съюз и установените изисквания за развитие на Tранс-европейската транспортна мрежа за постигне на устойчивост на българската транспортна система.

Спeцифичното в ОПТ е предварителното определяне на конкретните бенефициенти по проектите и предварителното приоритизиране на индикативен списък с инфраструктурни проекти, предвидени за финасиране от програмата.

Оперативната програма се фокусира върху няколко стратегически приоритета, които ще допринесат за интегрирането на националната транспортна мрежа в тази на ЕС. Постигането им ще има основен принос за устойчивия и балансиран икономически растеж на страната в средносрочен и в дългосрочен план.